Jednomanuálový organ s pedálom postavil renomovaný bratislavský organár Karl Klöckner v r. 1867 pri regotizácii dómu. Organová skriňa je pevnou súčasťou kanonických stallumov a bola naprojektovaná architektom J. Lippertom. Organár sa musel prispôsobiť danému priestoru. Tým sú podmienené niektoré skutočnosti, ktoré sú netypické pre dobu stavby organa. Manuálové registre stoja na zásuvkovej vzdušnici, vzhľadom na dobu vzniku nástroja, s obmedzeným tónovým rozsahom C – d3 s krátkou spodnou oktávou, pedálový register na ventilovej vzdušnici s tónovým rozsahom C – H.
Z pôvodných píšťal sa nezachovala ani jedna (okrem drevených atráp).
1867, Karol Klöckner – novostavba
Literatúra udáva ako organára aj Antona Glöcknera – ide však len o zámenu mena, na firemnom štítku je ako autor jednoznačne uvedený Karl Klöckner.
Návrh organovej skrine: Jozef Lippert.
50. r. 20. stor., neznámy organár – oprava
Pri oprave sanktuária bol organ rozobratý a postupne sa roztratil a zničil.
80. r. 20. stor., Miroslav Jablonský, Marian Alojz Mayer – rekonštrukcia
Rekonštrukcia s použitím píšťalového materiálu firmy Laukhuff, ktorej výsledkom je dnešná podoba nástroja.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2001