Organ staval chýrny, v tej dobe viedenský organár, Carl Buckow, za 12.000 zlatých. Bol to vôbec prvý trojmanuálový organ postavený na území Slovenska. Dňa 4. mája 1863 udrel do organa blesk, našťastie ho nezapálil, len ho poškodil (škoda predstavovala približne 100 zlatých). Staviteľ organa umrel pred jeho dokončením 16. mája 1864 v Komárne. Nástroj potom dokončil Buckowov spolupracovník Johann Rumpel. V máji (25. alebo 26.) 1865 ho vysvätil ostrihomský primas.
Organ mal 41 registrov, registrových manubrií bolo až 54. Vzdušnice boli zásuvkové, traktúry mechanické. V r. 1898 nástroj prestavala a rozšírila firma Rieger. Vzdušnice vymenila za kužeľkové, pričom však použila pôvodné Buckowove píšťalnice, pridala 10 registrov a hraciu traktúru hlavného stroja vybavila barkerovou pákou, ktorá pri pripnutí vedľajších manuálov ťahá aj traktúry týchto. Počas prvej svetovej vojny neboli prospektové píšťaly zrekvirované, počas druhej svetovej vojny boli viaceré prospektové píšťaly poškodené črepinami a po vojne vymenené. Cennému nástroju, na ktorom sa realizovali pred rokom 1989 aj organové koncerty, v súčasnosti chýba pravidelná údržba.
1861-1864, Karl Buckow, Ján Rumpel – novostavba
Trojmanuálový organ s pedálom s mechanickými traktúrami a zásuvkovými vzdušnicami staval viedenský organár Carl Buckow. Po jeho smrti v roku 1864 organ dostaval Ján Rumpel.
1898, Rieger – generálna prestavba
Prestavba a zväčšenie organa, opus 649. V katalógu firmy: ** 649 Komorn (neu konstruiert und vergroßert 1898, tri man.). Rieger použil organovú skriňu a väčšinu píšťalového materiálu z trojmanuálového organa viedenského organára Carla Buckowa z r. 1864.
2008, Ján Valovič – oprava
Oprava barkerovej páky a prekožovanie jedného z plavákových mechov.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2002