1649, Johann Wöckherl – novostavba
Organ postavil viedenský organár Johann Woeckherl spolu s tovarišmi Daniel Bauerom, Ignácom Pfeiferom a Jozefom Zolnayom. Po početných opravách a prestavbách sa organ zachoval až do r. 1926, kedy nástrojovú časť bez dokumentácie zlikvidovali. Zvyšky starého organa predali na verejnej dražbe. Cínový principál, ktorý bol od r. 1649 ozdobou prospektu hlavnej organovej skrine, údajne darovali skalickým františkánom.
1791, Valentín Arnold – prestavba
Čiastočná prestavba a rozšírenie o 6-registrový zadný pozitív. Od dostavby pozitívu mal organ 21 registrov, na hlavnom stroji a pedáli 15 a na pozitíve 6. Prospekt malej organovej skrine z r. 1791 sa zachoval až do dnešných čias a spolu s píšťalnicou je vystavený v budove fary.
1927-1928, Josef Melzer – novostavba
Nová nástrojová časť postavená v r. 1927 do organovej skrine Johanna Wöckherla z roku 1649. Skriňa zadného pozitívu v zábradlí chóru zostala prázdna (aj vzdušnica bola odstránená). Nástrojová časť bola od pôvodného nástroja o 5 registrov väčšia. Napriek tomu sa už čoskoro po postavení organa ozývali hlasy tvrdiace, že po zvukovej stránke do kostola nestačí. Preto Melzer v r. 1928 nástroj rozšíril o ďalšie štyri registre, ktorých umiestnenie si vyžiadalo opätovné rozšírenie a dostavbu pôvodnej organovej skrine. Organ mal výpustné vzdušnice a pneumatické traktúry. Dlhé desaťročia bol vo veľmi zlom technickom stave.
Dispozícia organa z roku 2001:
I. manuál (C – g3, 56 klávesov)
Burdon 16´, Principál 8´, Kryt 8´, Gamba 8´, Salicionál 8´, Oktáva 4´, Flauta drevená 4´, Roh kamzíčí 4´, Kvinta 2 2/3´, Pikola 2´, Mixtúra 3-5x 2 2/3´, Kornet 3x 2 2/3´, Trúbka 8´
II. manuál (C – g3, 56 klávesov)
Flauta koncertná 8´, Kvintadena 8´, Vox angelika 8´+ 4´, Principál husľový 4´, Flauta harmonická 4´, Nasard 2 2/3´, Roh nočný 2´, Tercia 1 3/5´, Mixtúra 3x 1 1/3´, Klarinet 8´
Pedál (C – d1, 27 klávesov)
Principalbas 16´, Subbas 16´, Violonbas 16´, Kvinta veľká 10 2/3´, Oktávbas 8´, Chorálbas 4´, Pozauna 16´
Spojky: II:I 16´, II:I 8´, II:I 4´, I:I 4´, II:II 16´, II:II 4´, I:P 8´, II:P 8´, II:P 4´, Generálna spojka
Voľné kombinácie: setzerové kombinácie
Pevné kombinácie: P, T, Anulátor pedálu
Pomocné zariadenia: Žalúzie II, Crescendo, Zapínač valca, Zapínač crescenda, Zapínač ručných registrov, Vypínač oktávových spojok, Vypínač jazykov, Tremolo II
Elektrické traktúry, výpustné vzdušnice.
90. r. 20. stor., Slovorgan Hlohovec – prestavba
Elektrifikovanie traktúr, nový (trojmanuálový) hrací stôl. Aj keď sa časť problémov odstránila, vážne problémy s výpustnými vzdušnicami samozrejme ostali. Stav organa sa napriek nákladnej oprave a následným projektom na jeho zväčšenie o tretí manuál ďalej zhoršoval a nakoniec nebol schopný ďalšej prevádzky.
2006-2007, Michael Walcker-Mayer – novostavba
Opus 5942. Novostavba nástrojovej časti do zreštaurovaných organových skríň (1649, 1791). Organ sa používa od 8. decembra 2007, keď bol požehnaný.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2007