Organ postavil Vincent Možný v priebehu necelých 2 rokov (1880 – 1882). Kolaudácia bola 19. novembra 1882. Dvojmanuálový 34-registrový organ je najväčším nástrojom Vincenta Možného. Pravdepodobne je prvým nástrojom organára trvalo pôsobiaceho na území Slovenska s tzv. barkerovou pákou. Možný ňou musel vybaviť hraciu traktúru I. manuálu, aby uľahčila jej chod (kvôli 15 registrom disponovaným na I. manuál, väčšina registrov je v 8- a dva sú v 16-stopovej polohe, medzi nimi je päťradová Mixtúra a štvorradový Kornet).
Nástroj trpel mimoriadne nevhodným umiestnením v priestore, nevhodnejšie miesto sa skutočne nedalo nájsť. Upozornili na to už pri kolaudácii. Vinu na umiestnení nemá staviteľ organa, ale skutočnosť, že v tej dobe aktívny Cirkevný hudobný spolok (Kirchenmusikverein) pôsobiaci v Dóme si vymohol, aby celý priestor chóru ostal vyhradený pre potreby jeho hudobných produkcií, a tak pre organ ostalo miesto len v podveží chóru. Pri stavbe organa sa však Možný musel vysporiadať aj s ďalšími obmedzeniami. Kvôli vitrážam, ktoré venovali biskup a dómsky farár Heiler a neskorší banskobystrický biskup Ipolyi, musel ostať voľný priehľad na zadné neogotické okno. Napokon sa pridali aj finančné obmedzenia – po nákladnej regotizácii Dómu ukončenej r. 1877 neostali už na organ dostatočné finančné prostriedky. Aj preto bol V. Možný nútený použiť okolo 50% píšťalového materiálu z nejakého staršieho, v tej dobe likvidovaného organa. Kvôli nedostatku finančných prostriedkov farár Heiler napokon neuvoľnil ani finančné prostriedky na zakúpenie jazykových registrov, a to bol ďalší nedostatok, ktorý vytýkali nástroju už pri kolaudácii.
O nahradenie organa sa veľmi snažil v medzivojnovom období vtedajší organista Štefan Németh-Šamorínsky, ale neúspešne.
Napriek tomu nástroj obsahoval veľmi pekné romantické registre, najmä v základnej polohe. Tieto sa iste v plnej miere uplatnia, keď sa organ presťahuje do kostola v Skalici a postaví sa na akusticky vyhovujúce miesto.
1880-1882, Vincent Možný – novostavba
Organ bol postavený s použitím cca 50% staršieho píšťalového materiálu (drevené aj kovové píšťaly). Nástroj nebol zásadne prestavaný.
1892, Vincent Možný – rozšírenie
Vybavenie hracej traktúry I. manuálu barkerovou pákou (pravdepodobne V. Možný).
1917, František Josef Svoboda – oprava
1928, Anton Schönhofer ml. – prestavba
Prestavba spojená so zásahom do dispozície (na II. manuáli výmena Salicionálu 8´ za Kvintu 2 2/3´, Lieblich Gedactu 8´ za Superoktávu 2´, výmena Aeoliny 8´ za iné úzkomenzúrované píšťaly v osemstopovej polohe).
1969, Ladislav Jankovič – úprava
Prerobenie pedálovej spojky na bowdeny a jej pneumatizovanie, dorobenie Tremulantu, Slávikov, pravdepodobne výmena pôvodnej pedálovej klaviatúry s rozsahom C – d1, za klaviatúru s rozsahom C – f1, a ďalšie práce.
1993, Marian Alojz Mayer, Miroslav Jablonský – oprava
Obnova hracích traktúr, výmena časti nepôvodného obloženia klávesov I. manuálu z umelej hmoty za prírodnú kosť, obnova manuálovej a pedálovej spojky, demontáž nefunkčného Tremulantu a Slávikov, obnovenie väzby a prekožovanie mechu I. manuálu, čistenie, ladenie.
2007, Vladimír Gazdík – premiestnenie nástroja
Demontáž a premiestnenie nástroja do depozitu vlastníka pamiatky.
od 2016, Ján Valovič – reštaurovanie
Reštaurovanie a stavba nástroja v Kostole sv. Františka Xaverského v Skalici. Predpokladané ukončenie prác v roku 2022.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2001