Organ postavil v tej dobe nitriansky, neskôr bratislavský organár Vincent Možný, ako svoj opus 3, pravdepodobne v roku 1876. Nástroj má pohnuté dejiny. Po zrušení seminára (prvá polovica 50. rokov 20. storočia), keď sa Veľký seminár prestal využívať na pôvodný účel, bol organ presunutý do r. kat. kostola v Nitre, časti Chrenová, a odtiaľ v roku 1977 z neznámeho dôvodu do r. kat. filiálneho kostola v Ivanke pri Nitre, časti Gergeľová. Pravdepodobne v roku 2016 sa vrátil späť na miesto, pre ktoré bol postavený – do kaplnky Veľkého seminára, ktorá opäť slúži svojmu pôvodnému účelu.
1878, Vincent Možný – novostavba
Opus 3. Autorom skrine je Ignaz Karger, Viedeň.
1. pol. 50. r. 20. stor., neznámy organár – premiestnenie nástroja
Do r. kat. kostola v meste Nitra, časť Chrenová.
1977, neznámy organár – premiestnenie nástroja
Do r. kat. filiálneho kostola v obci Ivanka pri Nitre, časť Gergeľová.
2016, neznámy organár – premiestnenie nástroja
Späť do kaplnky Veľkého seminára v Nitre. Rok je pravdepodobný.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2016