Skriňa pozitívu a parapet chóru bočnej empory, na ktorom sa organček nachádza, boli pôvodne súčasťou nástroja Hansa Hummela z prvej tretiny 17. storočia. Skriňu vyhotovili stolár Andreas Hertel z Krakova a rezbár Hans Schmied, pôvodom z Dánska v roku 1625. Celý nástroj stál na dnes už nejestvujúcom drevenom chóre, ktorý zanikol už pri prvej prestavbe v rokoch 1865 – 1877. Hlavná organová skriňa bola premiestnená na zadnú emporu, kde stojí dodnes. Do nej postavil v spomínaných rokoch 1865 – 1877 Ludwig Mooser, salzburgský organár, svoj nový nástroj, ktorý bol však už v rokoch 1931 – 1932 nahradený dnešným 3-manuálovým organom firmy Rieger z Krnova. Pozitív Hummelovho organu aj s parapetom pôvodného chóru bol po zrušení drevenej empory premiestnený na dnešné miesto, t. j. na kamennú emporu nad severným vstupom. Pozitív nebol automaticky premiestnený aj s nástrojovou časťou. Pri prestavbe mali byť použité potrebné funkčné časti a píšťalový materiál z celého Hummelovho organu.
Pravdepodobne v tomto období bol organček rozšírený aj o pedálovú vzdušnicu s 13-tónovým rozsahom, na ktorej stál jeden register. Jadro nástrojovej časti tvorí pôvodná zásuvková vzdušnica so šiestimi registrami. Tónový rozsah Hummelovho pozitívu bol pri prestavbe schromatizovaný (C – g2). Navýšenie počtu tónov si vyžiadalo prehĺbiť organovú skriňu a vyhotoviť nový hrací stôl. Vznikol tak samostatný 7-registrový organček so 6 manuálovými a jedným pedálovým registrom. V priebehu desaťročí sa dostal na okraj pozornosti a pravdepodobne aj pre vekom spôsobenú častejšiu poruchovosť postupne chátral. Jednu z opráv realizoval aj trnavský organár Vojtech Mišurec v roku 1891, čo dokladá nápis na hracom stole. Súčasná dispozícia nie je známa.
Organ je dávno nefunkčný a zasluhoval by si podrobný organologický prieskum.
Uvádzame pravdepodobnú dispozíciu podľa O. GERGELYI und K. WURM: Zur, Geschichte der grossen Orgel in der Stadtffarkirche St.Jacobi zu Leutschau; Acta Organologica 11, 1977, str. 44.
1624-1632, Hans Hummel, Jerzy Nitrowsky – novostavba
Po Hummelovej smrti nástroj dokončoval Jerzy Nitrowsky. Autormi skrine sú stolár Andreas Hertel a drevorezbár Hans Schmied.
1865-1877, neznámy organár – generálna prestavba
Pozitív pôvodného organa premiestnený na súčasné miesto a prestavaný. Vznikol tak samostatný jednomanuálový organ s pedálom (6+1).
1891, Vojtech Mišurec – oprava
Prieskum: Marek Cepko, 2006