Nevieme, či Zorkovského organ bol jedno- alebo dvojmanuálový. Je však zrejmé, že skriňa veľkého organa a pozitívu nevznikla v jednom období. Skriňa pozitívu je mladšia a pochádza možno až z konca 18. storočia. Zorkovského organ prestal zmeneným hudobno-estetickým kritériam vyhovovať oveľa skôr pred Šaškovou zásadnou prestavbou a v bohatej katedrále sa iste realizovali úpravy už aj pred ňou. Pritom aj Martin Šaško použil veľa starších prvkov, a to nielen z organových skríň, ale aj z píšťalového materiálu. Pravdepodobne Zorkovského sú prospektové píšťaly veľkej organovej skrine. Zachovali sa skrine hlavného stroja aj zadného pozitívu v stave po Šaškovej prestavbe, pedálové registre neskôr Vážanský umiestnil do nových skríň po bokoch skrine hlavného organa.
1718-1723 / 1726, Martin Zorkovský st. – novostavba
1826, Štefan Hechinger – oprava
70. r. 19. stor., Martin Šaško st. – generálna prestavba
Šaško dôkladne prestaval starý organ. Pritom pravdepodobne pridal aj zadný pozitív postavený do zábradlia chóru, pri jeho výzdobe však asi použil staršie prvky.
1932, Otokár Vážanský – generálna prestavba
Generálna prestavba a zväčšenie nástroja: nové kužeľkové vzdušnice, nové pneumatické tlakové traktúry, dostavba skríň pre pedálové registre, nový hrací stôl, dispozícia. Išlo o Vážanského druhý najväčší nástroj. Z pôvodného nástroja sa zachovali len skrine hlavného stroja a pozitívu. Na hracom stole bol umiestnený firmený štítok: Otokár Vážanský / závod pre stavbu organov / Nitra.
Dispozícia po prestavbe - II / P / 28 (11+12/11+5):
I. manuál (C – g3, 56 klávesov)
Bourdon 16´, Principál 8´, Flauto 8´, Gamba 8´, Salicionál 8´, Oktáva 4´, Flauta 4´, Kvinta 2 2/3´, Superoktáva 2´, Mixtúra 5x 2 2/3´, Roh krivý 8´
II. manuál (C – g3, 56 klávesov / C – g4)
Kvintatőna 16´, Principál husľový 8´, Kryt ľúbezný 8´, Harmonika 8´, Aeolina 8´, Vox coelestis 8´ (súčasne zapína registre Harmonika 8´ a Aeolina 8´), Harfa 8´ (neskôr nahradený registrom Cimbal 3x), Flauto travers 4´, Viola 4´, Piccolo 2´, Seskvialtera 2x 2 2/3´, Hoboj 8´
Pedál (C – d1, 27 klávesov)
Principálbas 16´, Subbas 16´, Oktávbas 8´, Cello 8´, Pozauna 16´
Spojky: I-II, Pedal I, Pedal II, Suboktava II-I, Suboktava II, Supperoktava II-I, Supperoktava I, Supperoktava II
Voľné kombinácie: 1
Pevné kombinácie: P., MF., F., FF., T.
Pomocné zariadenia: Crescendo, Gelusien (žalúzie II. man.), Aut. premen. ped., Zap. ruč. reg., Zap. jazýč.
Pneumatické traktúry, kužeľkové vzdušnice.
2016-2017, Kögler Orgelbau – novostavba
Nástroj bol postavený do pôvodnej zreštaurovanej organovej skrine, použitá bola aj časť pôvodného píšťalového fondu.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, Webová stránka firmy Orgelbau Kögler GmbH