1885, György Bencz – novostavba
Z organa sa zachovala len organová skriňa.
1905, Rieger – novostavba
Gebrüder Rieger, Budapest, opus 1177. Kláštor zaň zaplatil sumu 8500 korún v niekoľkých splátkach. Nový organ bol postavený do staršej skrine ponechanej z nástroja György Bencza z roku 1885. Nástroj kolaudoval 11. júla 1905 riaditeľ chóru nitrianskej katedrály Leopold Dušinský.
1918, Anton Schönhofer st., Anton Schönhofer ml. – rekvirácia prospektových píšťal
20. januára 1918. Za celkovú hmotnosť materiálu – 90 kg – dostal kláštor 1610 korún. Nástroj bol bez prospektových píšťal od tej doby celých 30 rokov.
1923, Rieger – oprava
Oprava, čistenie, ladenie. Ani pri tejto oprave neboli prázdne prospektové polia doplnené.
30. r. 20. stor., Otokár Vážanský – oprava
Koniec 30. rokov 20. storočia. Inštalácia elektrického čerpadla vzduchu.
1948-1970, Otokár Vážanský – prestavba
Generálna oprava a rozšírenie. Organ bol prestavovaný a rozširovaný postupne. V roku 1948 sa začala prvá etapa rozširovania organa. Boli dodané nové zinkové prospektové píšťaly a pribudli 2 nové registre do druhého manuálu (Picolo 2´, Bason 8´), jeden pedálový (Principálbas 16´), nový hrací stôl a tiež žalúziová skriňa pre väčšiu časť registrov druhého manuálu. Časové údaje o ďalších etapách rozširovania nie sú známe. Pre nepriaznivú politickú situáciu práce na organe trvali vyše 20 rokov. V tomto období boli dodané 4 nové registre pre prvý manuál (Kvinta flautová 2 2/3´, Superokráva 2´, Tercia 1 3/5´, Anglický roh 8´), jeden pedálový (Chorálbas 4´) a zrekonštruovaná bola aj tónová traktúra (väčšina pôvodných klinových mieškov bola nahradená plochými membránami). Odstránený bol jeden z dvoch čerpacích mechov. Vážanský organ pravidelne ladil až do svojej smrti.
V úrovni registrových sklopiek, vpravo, je mosadzný firemný štítok: OTAKÁR VÁŽANSKÝ / stavba organov a sklad klavírov / NITRA
Napriek Vážanského zásahom do dispozície nebola narušená pôvodná romantická zvuková koncepcia nástroja.
1991, Peter Reiffers – generálna oprava
Oprava, čistenie, ladenie, intonácia.
2002, Peter Reiffers – oprava
August 2002. Generálna oprava zásobného mechu.
Prieskum: Marek Cepko, 2006