Organ je umiestnený nad obrazom hlavného oltára. Františkáni salvatoriánskej provincie sa v minulosti modlili spoločné modlitby v sprievode organa zvyčajne v miestnosti za hlavným oltárom. Organ bol zväčša architektonicko-výtvarnou súčasťou hlavného oltára, hrací pult sa nachádzal na zadnej stene oltára. Takýto nástroj sa dodnes zachoval okrem Pruského aj v Žiline. Obdobný nástroj bol aj v Skalici a Kremnici.
Napriek tomu, že organ v oltári františkánskeho kostola v Pruskom, ako uvádza dielenská kniha organárov Pažických z Rajca, postavili zadarmo v ich dielni v roku 1777 (teda súčasne so stavbou organa vo farskom kostole), podľa viacerých indícií sa predpokladá, že nástroj je oveľa starší, pravdepodobne z druhej polovice 17. storočia. Vnútro nástroja je ťažko prístupné, značná časť píšťal chýba. Aj preto chýbajú údaje o dispozícii.
pravdepodobne 1676, Izák Roglmayr – novostavba
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2004