Pôvodný organ v Kostole sv. Jakuba objednalo mesto už v roku 1615 u krakovského staviteľa nemeckého pôvodu Hansa Hummela. Nástroj z väčšej časti financoval štedrý mecén Friedrich Pobst. Hummel sa do Levoče dostavil po viacerých prieťahoch až v roku 1624 a práce na organe pokračovali veľmi pomaly. Organová skriňa vyhotovená stolárom Andreasom Hertelom (Krakov) a rezbárom dánskeho pôvodu Hansom Schmiedom bola dokončená už v roku 1625, no nový nástroj bol v nedohľadne. Jednou z príčin meškania mohla byť morová epidémia, ktorá sa v tom čase prehnala mestom, a s ňou súvisiace finančné ťažkosti, no hlavnou príčinou bola slabá pracovná disciplína organára a jeho nadmerné pitie. Hummel si neplnil záväzky aj na iných svojich pôsobiskách, čo malo nakoniec za následok súdne stíhanie s hrozbou zhabania majetku. Samotný súd sa však nikdy nekonal: 11. februára 1630 ho našli mŕtveho na dlažbe chrámu sv. Jakuba. Príčinou smrti bol pád z vysokého lešenia. Organ ešte v ten istý rok dokončil významný poľský organár Jerzy Nitrowsky. Pôvodný kontrakt bol na organ s 25 registrami, všetky neskoršie správy spomínajú 27-registrový organ. Okrem veľkého organa na severnej empore bol krátko po roku 1687 za 300 zlatých zakúpený aj organový pozitív (kánonické vizitácie uvádzajú 2 organy: 1. väčší (bez jedinej drevenej píšťaly) s 8 mechmi; 2. menší organ na zadnom chóre s dvoma mechmi). Už začiatkom 18. storočia bol Hummelov organ v zlom stave. Mesto na jeho opravu zorganizovalo zbierku cínu, olova a mosadze.
Organ bol až do polovice 19. stor. považovaný za najväčší v Uhorsku. Nedostatok údržby a vek nástroja mali za následok rapídne zhoršovanie jeho technického stavu. Okolo roku 1830 sa už organ používal iba zriedka. V období po roku 1861 vypracovali viacerí organári návrh na jeho rekonštrukciu (Dominik Müller, Jozef Demeter). Zmluva bola nakoniec podpísaná so salzburgským organárom Ludwigom Mooserom. V období medzi rokmi 1865 – 1877 postavil trojmanuálový organ s 32 registrami, mechanickými traktúrami a zásuvkovými vzdušnicami. Nástrojová časť bola umiestnená do skrine hlavného stroja Hummelovho organa, ktorú preniesli na zadnú emporu. Pozitív aj s balustrádou bol prenesený na kamennú epmoru nad severným vstupom. Nástrojová časť pozitívu však bola prestavaná. Na prestavbu sa mali využiť časti nástroja a píšťaly z celého organa, ktoré vzdľadom na svoj vek a technický stav boli ešte použiteľné. Mooserov organ už niekoľko rokov po dokončení vykazoval vážne nedostatky. Napriek tomu sa jeho stav riešil iba čiastkovými opravami. Až po 1. svetovej vojne sa začalo uvažovať o rozsiahlejšej rekonštrukcii. Po jednaniach s viacerými firmami (Július Guna, Jan Tuček, Josef Melzer) bola práca zverená krnovskému závodu Rieger. Rieger v rokoch 1931 – 1932 v skutočnosti postavil nový nástroj, pričom použil aj píšťaly z Mooserovho organa.
1624-1632, Hans Hummel, Jerzy Nitrowsky – novostavba
Po Hummelovej smrti nástroj dokončoval Jerzy Nitrowsky. Autormi skrine sú stolár Andreas Hertel a drevorezbár Hans Schmied.
Dispozícia Hummelovho organa podľa kontraktu (25 registrov):
Hauptwerk (C – g2, a2, krátka veľká oktáva, 41 tónov)
Principal 8´, Hohlflöte 8´, Schweizerpfeife 8´, Octav 4´, Blockflöte 4´, Superoctav 2´, Gemnshorn 2´, Rossquint 1 1/3´, Mixtur 8 fach 2´, Cymbel 5 fach
Positiv (C – g2, a2, krátka veľká oktáva, 41 tónov)
Quintadena 8´, Principal 4´, Subföte 4´, Octav 2´, Spielföte 2´, Mixtur 5 fach, Cymbel 3fach, Tiefregal 8´
Pedal (C – d1, krátka veľká oktáva, 23 tónov)
Subbas 16´, Octav 8´, Hohlföte 8´, Superoctav 4´, Mixtur 6 fach, Pommort 16´, Cornet 2´
Podľa dobových zvykov však organári svoje nástroje oproti zmluvám vylepšovali, aby mohli požadovať zvláštnu odmenu. Hummelov organ mal navyše na hlavnom stroji register Quintadena (pravdepodobne 16´), v pedáli register Quinta 5 1/3´ a pozitív namiesto Spielflöte 2´ obsadil Nitrowsky krytým registrom Copl 8´. Tiež je pravdepodobné, že register Rossquint bol nakoniec vybudovaný v polohe 2 2/3´.
okolo 1708, neznámy organár – oprava
1738, Vavrinec Čajkovský – oprava
1865-1877, Ludwig Mooser – novostavba
Skriňa hlavného stroja bola prenesená na západnú emporu. Do nej bol postavený úplne nový 32 registrový 3-manuálový nástroj s mechanickými traktúrami a zásuvkovými vzdušnicami. Skriňa pozitívu bola prenesená na kamennú severnú emporu. Nástrojová časť pozitívu však bola prestavaná (na prestavbu sa mali využiť časti nástroja a píšťaly z celého organa, ktoré vzhľadom na svoj vek a technický stav boli ešte použiteľné).
Dispozícia – podľa O. GERGELYI und K. WURM: Zur Geschichte der grossen Orgel in der Stadtpfarkirche St. Jacobi zuLeutschau; Acta Organologica 11, 1977, str. 38:
I. manuál: Principal 16´, Quintatön 16´, Octav 8´, Coppel 8´, Superoctav 4´, Flöte 4´, Pansib (?) Quint 2 2/3´, Cornett 4´, Mixtur 4x 2 2/3´, Trompete 8´
II. manuál: Bourdon 16´, Prästant 8´, Coppel douce 8´, Gemshorn 8´, Salicet 8´, Flute d´amour 4´, Piccolo 2´, Cimbel 1 1/3´
III. manuál: Flauton 8´, Gamba 8´, Aeoline 8´, Viola 4´, Violine 4´, Dolce 4´, Flageolet 2´
Pedál: Bourdon 16´, Violon 16´, Quintbas 10 2/3´, Octav 8´, Cello 8´, Bombard 16´, Trompete 8´
Pomocné zariadenia: manuálové spojky: II/I, III/II; pedálová spojka: I/P
1891, Vojtech Mišurec – oprava
1931-1932, Rieger – novostavba
Opus 2540 (údaje z hracieho stola a katalógu organov firmy Rieger), postavený do skrine hlavného stroja Hummelovho organa. Pri stavbe bola použitá časť píšťal z organa L. Moosera.
1997-1999, Peter Franzen – generálna oprava
Veľká generálna oprava bola realizovaná v 3 etapách: 1. apríl – novbember 1997, 2. máj – november 1998, 3. apríl – december 1999. Oprava, čistenie, ladenie, nové prospektové píšťaly, nové elektrické čerpadlo vzduchu, reštaurovanie organovej skrine. Register Flautino 2´ bol preintonovaný na Superoktávu.
1999-2023, Peter Franzen – údržba
Pravidelná údržba a každoročné ladenie.
Prieskum: Marek Cepko, 2006