1640, neznámy organár, Mertinus Neugebauer – novostavba
Veľká ranobaroková organová skriňa pochádza z nástroja neznámeho organára z prvej tretiny 17. storočia. Na korunnej rímse sa našiel údaj s menom Mertinus Neugebauer a letopočtom 1640. V podstavci organa sa nachádza iný nápis s letopočtom 1634, resp. 1684.
1780-1798, Jozef Borovecký – prestavba
Rozsiahla prestavba a rozšírenie o zadný pozitív. Podľa písomných dokumentov bolo v rokoch 1780 – 1798 vynaložených 2 740 florénov pro reformatione organi. Finančné záznamy z rokov 1786 – 1798 dokladujú činnosť organára Jozefa Boroveckého. Vysoká suma 2740 zlatých a dĺžka trvania opravy poukazujú na rozsiahlejšie práce. Autorstvo a dĺžku prestavby potvrdzuje aj nájdený štítok s menom Boroveckého a dátumom 8. novembra 1794 či letopočet 1796 na prospektových píšťalách pozitívu.
Podľa dostupných informácií mal zadný pozitív 5 registrov a rozsah C – g3 (na základe dochovaných píšťal prospektového registra Praestant 8´).
1925-1926, Jan Tuček – novostavba
Nový dvojmanuálový 33-registrový organ postavený vďaka finančným darom prešovských krajanov z USA. Organ mal pneumatické traktúry a pravdepodobne výpustné vzdušnice. Z pôvodného organa ostali zachované len obe organové skrine s pôvodnými prospektovými píšťalami. Kolaudačnú listinu nového organa podpísal okrem iných aj Mikuláš Moyzes.
V dobovom katalógu firmy Jan Tuček je uverejnený list, zaslaný vedeniu továrne jeden rok po postavení nástroja:
Firme JAN TUČEK, továrňa pre stavbu varhan a harmonií v Kutnej Hore.
Blahorodý pán Michal Bosák z Ameriky daroval ve svojej nekonečnej dobrotivosti pre farský kostol v Prešove dva organy, a sice malý organ s 1 manualom a pedalom s 8 hlasmi na postranný chor, a velký organ se 2 manualmi a pedalom 33 hlasy a 30 kolektivy na hlavny chor kostela toho. – Oba organy sú budované v sústave pneumatickej, mechy ku čerpaniu vzduchu elektroventilatorem. Skrine zostali staré, čo omedzením miesta stavbu oboch organov len sťažovalo. Prinášame o tejto veci doležitý úsudek po 1 roku používání týchto organov a prohlásujeme:
Dodal ste nám do Prešova organy skvostné ohladom na ich konstrukciu a taktiež na registry, čo uznáváme nie len my, ale i všetci, ktorí na nich hrali, a ich podrobnejšie vyskúmali. O harmónii a lahode jednotlivých registrov, taktiež i v súhru, o zvuku plného stroja, o presnom a zvláštnom charaktere intonácií možeme sa len velmi priaznive vysloviť. Buď Vám za to česť a vďaka spojená so želaním, aby Váš veľkozávod, ktorý stal sa svetovým, bol tak podporovaný, jak si to svojimi výrobkami zaslúží. Prajeme Vám ďalšieho požehnania a nových triumfov ve stavbe organov.
V Prešove dňa, 20. februára 1927.
Mikuláš Moyzes v.r., prof. hudby; Anton Bárdoši v.r., regenschori; B. Zaborovszki v.r., prelat a farár
1962, Organa Kutná Hora – prestavba
Prestavba a rozšírenie: prebudovaná nástrojová časť, doplnené registre, organ rozšírený o III. manuál, nový 3-manuálový hrací stôl. Vznikol tak 3-manuálový organ s 43 (41) registrami (12+6+14+11/9). Nástroj mal pneumatické traktúry a kužeľkové vzdušnice.
Dispozícia organa po prestavbe:
I. manuál (C – a3, 58 klávesov)
Bourdon 16´, Principál 8´, Flauta temná 8´, Roh kamzíkový 8´, Salicional 8´, Oktáva 4´, Flauta krytá 4´, Kvinta flautová 2 2/3´, Superoktáva 2´, Kornet 3-5x 8´, Mixtura 5x 2´, Trubka 8´
II. manuál (C – a3, 58 klávesov)
Copula major 8´, Principál 4´, Copula minor 4´, Oktáva 2´, Kvinta 1 1/3´, Cymbál 3x 2/3´
III. manuál (C – a3, 58 klávesov; žalúzie)
Diapason 8´, Kryt trubicový 8´, Viola di Gamba 8´, Vox coelestis 2x 8´, Principál italský 4´, Flauta trubicová 4´, Nasard 2 2/3´, Roh nočný 2´, Tercián 2x 1 1/3´, Sedecima 1´, Acuta 5-6x 2´, Fagot 16´, Klarinet 8´, Clairon 4´
Pedál (C – f1, 30 klávesov)
Kontrabas 16´, Violon 16´, Subbas 16´, Bourdon 16´ (trans.), Principál 8´, Bourdon 8´, Kvintbas 5 1/3´, Chorálbas 4´, Kvinta šustivá 3x 2 2/3´, Bombarda 16´, Trubka 8´ (trans.)
Spojky: II:I 8´, III:I 8´, III:I 4´, III:II 8´, III:II 4´, III:III 4´, I:P 8´, I:P 4´, II:P 8´, III:P 8´
Voľné kombinácie: A, B, C
Pevné kombinácie: Mz., F., Pl., TT.
Pomocné zariadenia: Žaluzie III.m., Crescendo hlasů, Vypinač crescenda, Vypinač ruč. rejstříků, Vypinač jazyků, Vypínač normálnych spojok, Vypínač oktávových spojok, Automatický anulátor pedála, Zvony III.m., Zvony pedál, Tremolo II.m., Tremolo III.m.
2018-2020, Gabriel Bies – novostavba
Opus 23. Nový organ s barokovou dispozíciou postavený do zreštaurovaných organových skríň, s použitím pôvodných prospektových píšťal. Reštaurovanie organovej skrine vykonal Martin Kukura a Jan Mach, autormi dispozície sú Gabriel Bies a Václav Uhlíř. Požehnanie organa sa uskutočnilo 26. decembra 2020.
Prieskum: Marek Cepko, 2006