Na organe pravidelne, až do svojej smrti v roku 1958, hrával riaditeľ chóru Dómu sv. Mikuláša skladateľ Mikuláš Schneider-Trnavský. Od roku 1996 sa tu koná festival Trnavské organové dni.
1776, Valentín Arnold – novostavba
Čelné steny oboch skríň a skriňa pozitívu pochádzajú z 2-manuálového 26-registrového organa s pedálom, ktorý postavil Valentín Arnold. Je veľmi pravdepodobné, že obe hlavné skrine stáli pôvodne tesne pri zábradlí chóru.
1912-1913, Rieger – novostavba
Trojmanuálový organ firmy Rieger, opus 1894, bol postavený budapeštianskou pobočkou podľa dispozičného návrhu profesora Hudobnej akadémie v Budapešti Dezsö Antallfy-Zsírosa. Čelné steny skríň a pozitív v zábradlí chóru boli ponechané zo staršieho nástroja trnavského organára Valentína Arnolda. Bočné steny skríň, podstatne predĺžené do hĺbky chóru a skrátenie hĺbky pozitívu sú dielom firmy Rieger.
1986, Rieger-Kloss, Krnov – generálna oprava
Oprava, čistenie, ladenie (I., II., III. manuál), odstránený jeden z dvoch zásobných mechov, inštalácia výkonnejšieho elektrického čerpadla vzduchu, nové jazýčky pre register Trombita 8´.
1997, Peter Reiffers – oprava
Čistenie, ladenie a intonácia registrov 1. manuálu, oprava závad traktúr, sanácia omietky nad organom, inštalácia posuvnej striešky nad jazykovými registrami Trombita 8´ a Fagott 16´.
2000, Peter Reiffers – oprava
August 2000. Oprava pedálovej klaviatúry a generálna oprava pedálovej tónovej kancely.
2001-2006, Ján Valovič – generálna oprava
Oprava prebiehala vo viacerých etapách:
2001: generálna oprava hracieho stola
2004: oprava tónovej traktúry pre I. manuál, nové jazýčky pre registre Trombita 8´ a Harsona 16´ (Orgelbau-Walcker)
2006: nové elektrické čerpadlo vzduchu