Pôvodný Čajkovského organ, ktorý mal desať manuálových a dva pedálové registre, už o necelé desaťročie rozšíril o druhý manuál (pozitív v zábradlí chóru) spišskonovovesský organár Martin Korabinský. Zaznamenaný je celý rad opráv a úprav. Veľká Schwarzova oprava v r. 1756 bola zameraná hlavne na dispozičné zmeny smerujúce k posilneniu základnej polohy na úkor vysokých registrov. V r. 1804 kežmarský zbor jednal o oprave s banskobystrickým organárom Michalom Podkonickým, no organár prácu stále odďaloval a nakoniec musel vrátiť preddavok. Podľa dojednanej sumy 650 fl. malo tiež ísť o pomerne veľkú opravu. Napokon až v r. 1811 uskutočnil opravu organa profesor piaristického gymnázia v Podolínci Glycer Heisler. Ďalšiu opravu spojenú s vyhotovením nových mechov mal urobiť viedenský organár Wilhelm Krane. Zbor však s prácou nebol vôbec spokojný a ešte r. 1825 Wilhelma Kraneho nahradil sabinovský organár Jakub Galovič. Oprava r. 1860 priniesla ďalšiu zmenu dispozície. Pri poslednej generálnej oprave kostola vnikli po lešení do objektu deti a organ vážne poškodili, hlavne jeho píšťalový materiál. Náročnú rekonštrukciu nástroja v r. 1995 – 1999 realizoval Vladimír Gazdík. Jej súčasťou bol aj návrat k pôvodnej dispozícii, pochopiteľne len tam, kde sa pôvodný register dal bezpečne identifikovať.
Organ koncertne zaznel na medzinárodnom festivale Slovenské historické organy roč. VIII/1999 (dva koncerty), XI/2002 a XIII/2004.
1720, Vavrinec Čajkovský – novostavba
Jednomanuálový organ s pedálom.
1729, Martin Korabinský – rozšírenie
Rozšírenie o šesťregistrový II. manuál (zadný pozitív v zábradlí chóru).
1749, Johanes Faschko – oprava
1756, Johann Georg Schwarz – oprava
Oprava a rozsiahle zmeny dispozície.
1762, Michael Fabriezs – oprava
1782, neznámy organár – oprava
1783, neznámy organár – oprava
Oprava troch mechov a píšťal.
1811, Glycer Heisler – oprava
1824-1825, Wilhelm Krann – oprava
Október 1824 – apríl 1825. Oprava organa a zhotovenie nových mechov. S opravou objednávateľ nebol spokojný.
1825, Jakub Galovič – oprava
Dokončenie opravy, ktorú začal W. Krane.
1860, Jozef Demeter – oprava
Rozsiahlejšia oprave organa a zmena dispozície.
1869-1887, Pavol Hermann – údržba
Údržba organa za paušálnu odmenu 9 zlatých ročne.
1935, Filip Komínek – oprava
1955-1957, Karel Weiss – generálna oprava
Generálna oprava a výmena pedálovej vzdušnice za novú s väčším tónovým rozsahom.
1969, Pavol Baxa st., Štefan Gábor – oprava
1995-1999, Vladimír Gazdík – generálna oprava
Generálna oprava s cielom vrátiť nástroj v čo najväčšej miere do pôvodného stavu.
Prieskum: Marian Alojz Mayer, 2006